Herausforderung der Genomassemblierungsprogrammierung

Beschreibung

Im Frühjahr 2011 wurden in Deutschland Tausende Menschen mit einer tödlichen Krankheit ins Krankenhaus eingeliefert, die als Lebensmittelvergiftung mit blutigem Durchfall begann und oft zu Nierenversagen führte. Es war der Beginn des tödlichsten Ausbruchs der jüngeren Geschichte, der durch einen mysteriösen Bakterienstamm verursacht wurde, den wir als E. coli X bezeichnen werden. Bald brachten deutsche Beamte den Ausbruch mit einem Restaurant in Lübeck in Verbindung, in dem fast 20 % der Gäste waren Innerhalb einer Woche bekam ich blutigen Durchfall. Zu diesem Zeitpunkt wussten die Biologen, dass sie es mit einem bisher unbekannten Krankheitserreger zu tun hatten und dass herkömmliche Methoden nicht ausreichen würden – Computerbiologen würden benötigt, um das Genom des neu aufgetauchten Krankheitserregers zusammenzusetzen und zu analysieren.

Um den evolutionären Ursprung und das pathogene Potenzial des Ausbruchsstamms zu untersuchen, starteten Forscher ein Crowdsourcing-Forschungsprogramm. Sie veröffentlichten bakterielle DNA-Sequenzierungsdaten eines Patienten, was eine Reihe von Analysen auslöste, die von Computerbiologen auf vier Kontinenten durchgeführt wurden. Sie nutzten sogar GitHub für das Projekt: https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki

Der Ausbruch in Deutschland im Jahr 2011 war ein frühes Beispiel dafür, wie Epidemiologen mit Computerbiologen zusammenarbeiteten, um einen Ausbruch zu stoppen. Bei dieser Genome Assembly Programming Challenge treten Sie in die Fußstapfen der Bioinformatiker, die den Ausbruch untersuchen, indem Sie ein Programm entwickeln, um das Genom von E. coli X aus Millionen überlappender Teilstränge des E. coli X-Genoms zusammenzusetzen.

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